夏派遣军地面部队的作战行动，威胁到了日军在华夏战场上的空中优势地位，更加严重的是威胁到了日本本土的安全。
这让日军华夏派遣军一直把芷江机场当成自己的心腹大患，并一直想把华夏政府的芷江机场摧毁掉。
而日军大本营和日军华夏派遣军这一次攻击芷江，更深层的目的主要有三点，第一点自然是想摧毁华夏政府在芷江的机场，扫除进攻华夏空军的障碍，同时还能打通粤汉公路和湘桂公路，这样就可以让华夏派遣军的部队进入到一些沿海地区，阻止可能在华夏沿海地区登陆的美丽国军队。
第二点则是日军华夏派遣军希望通过这一次占领芷江的作战行动，从而夺取整个湘西地区，进而能够逼近华夏政府所在地山城，一举扭转此时日本政府所面对的不利局面。
第三点就是，日军华夏派遣军可以在占领湘西地区之后，沿着川湘公路，进攻川省地区和滇省地区，这样华夏派遣军就能与在东南亚的日军部队进行汇合，加大日军在大陆上的防御纵深。
于是，日军大本营和日军华夏派遣军为解除来自芷江机场的这些威胁，在长沙和衡阳的会战结束后，日军大本营和日军华夏派遣军便开始部署计划进攻芷江，摧毁芷江机场。
一九四五年春，日本大本营面对美丽国军队从太平洋战场上的快速推进，决定孤注一掷，从华夏的东南地区抽调兵力去华北战场上，实施所谓的本土作战计划。
一九四五年四月，日军华夏派遣军任命日军第二十军司令官坂西一良中将为芷江会战的总指挥，并计划集中日军华夏派遣军在湘省的五个师团兵力对华夏政府的芷江机场发动进攻。
日军第二十军司令官坂西一良中将的作战计划是，日军第一百一十六师团和日军第四十七师团，在开战前集结于邵阳以南地区和黑田铺地区，担任此次芷江会战中负责中央突破作战的主攻部队。