反证阶段，辩方就“日本的外交协定”、“不存在共同谋议”、“满洲·满洲国相关”、“奉天柳条沟事件”、“日本占领南京及其和平努力”、“苏维埃联邦相关”、“诺门坎事件”、“太平洋战争”、“战俘及民间被捕人士的处境”等事件提交书证，并由证人出庭作证。
一九四七年九月十日，辩方反证“个人辩护”开庭审理，其中包括对华夏恶行累累的被告人土肥原贤二与板垣征四郎的辩护，一九四八年一月十二日，辩方反证结束。
紧接着是“检方反驳立证”，远东国际军事法庭就受理检方反驳立证阶段的书证进行讨论，庭长最终裁定证据受理与否根据具体的证据来决定，华夏政府代表团检察官向哲濬及首席顾问倪征燠向法庭提交了被告人板垣征四郎相关的反驳立证。
随后，审理阶段进入“辩方再度反驳立证”。辩方针对检方对各被告人的反驳立证再度提交书证。
审理的最终阶段是“检方最终总结陈词”，细目包括“开庭陈述”、“对和平之罪”、“普通战争罪·对人道之罪”，以及“辩方最终辩护”。
至此，一九四八年四月十六日，远东国际军事法庭宣布休庭。
一九四八年十一月四日，远东国际军事法庭庭长宣读了远东国际军事法庭判决书英文版本，然后再由几名日本人宣读判决书的日文版本，这一共花了七天时间。
判决书包括判决A部：判决理由，也就是法律的适用，判决B部：判决理由依据的事实，判决C部：被告人的有罪认定及其判刑，也就是判决书的主体。
一九四六年四月二十九日，远东国际军事法庭对东条英机、土肥原贤二、松井石根、板垣征四郎等二十八名日本甲级战犯正式起诉。