面向明朝提议趁机招抚阿勒坦。当时主政的高拱、张居正两位大学士皆对此全力支持，偏巧此时阿勒坦的长子辛爱虽假意发兵协助阿勒坦，其实却按兵不动，企图借阿勒坦与明朝血拼的机会谋夺权力。
在马芳小挫阿勒坦后，王崇古派百户鲍崇德为使与阿勒坦会谈，经一番辩论，阿勒坦终于屈服道“天子若封我为王，统辖北方诸部，我当约令称臣，永不复叛。”得到阿勒坦承诺后，双方达成协议：阿勒坦向明朝交还之前叛逃至蒙古的赵全等人，明朝册封把汉纳吉为指挥使，礼送回阿勒坦处。
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阿勒坦逮捕赵全、李自馨、王廷辅、赵龙、张彦文、刘天麟、马西川、吕西川、吕小老至明朝，明朝也如约将把汉纳吉礼送归蒙古，为防阿勒坦报复，明朝使臣更警告阿勒坦“汝孙今为朝廷命官，不可轻辱也。”是日阿勒坦与把汉纳吉祖孙俩“相抱而哭，连连南向叩头。”阿勒坦更对明朝“遣使报谢，誓不犯大同”，交换人员后，阿勒坦主动示好，下令昆都力，吉能等蒙古部落停止对明朝边境的侵扰，王崇古也向明朝廷上奏，建议明朝“以先朝忠顺王故事”册封阿勒坦，“许贡入京”，且在边境上开放互市，从而实现明蒙双方的长期和平。虽有朝臣指责王崇古“邀近功，忽远虑”，但因大学士高拱、张居正等人支持，明朝终于下诏册封阿勒坦为“顺义王”，其兄弟子侄部下皆受封都督、同知、千户等官职，在延绥，红山敦，宁夏清水营等地开设“互市”，恢复汉蒙两族边民贸易。
阿勒坦在大同北面的晾马台正式举行“顺义王受封宣誓”的仪式，歃血盟誓道“世世代代，永不复叛”。此誓果然成真，之后不但蒙古其他部落有样学样，以至“河套各部皆求归附”，且“边鄙又安，蓟宣以抵甘固，六十余年边民生息，遂长不识兵革也。”此事结束了明蒙双方的大规模战争，达成了着名的“隆庆和议”。
“隆庆和议”成功后，马芳作为大同总兵，在每年五月，都受命率精兵护送王崇古到大同北面的弘赐堡接见蒙古各部首领，宣扬明朝威德，每次马芳部皆“兵甲威武，诸部皆拜服之”。
在神宗即位后的政治斗争中，原内阁首辅高拱失势被逐，大学士张居正取而代之，随后身为高拱亲信的王崇古，被御史陈堂弹劾“弛防徇敌”，不得不引咎辞职，马芳随后也未能幸免。他担心不能通过阅视，于是贿赂武库司郎中林绍、怀隆及兵备参议吴哲、阅视侍郎吴百朋，吴百朋告发此事，奏请朝廷提审马芳。经兵部尚书杨博说情，神宗革去马芳的职务，勒令他“归家闲住”。
阿勒坦向朝廷索要封赏，并威胁要兵戎相见，朝廷立刻命马芳挂印，充任宣府总兵官。马芳到任后，整治兵马，在宣府郊外率领骑兵举行了数次“游猎”，蒙古各部闻讯后大惊道：“马太师归也。”阿勒坦急忙向朝廷“奉表谢罪，痛悔前过。”原本一触即发的兵祸就此消解。马芳因病请辞，解甲归乡，在家乡蔚州逝世，享年六十四岁，神宗闻讯后，按例赐祭葬。