冰雹下得不合时令，是魏忠贤谗言和邪恶造成的，修撰文震孟、太仆寺少卿满朝荐也相继这样说，都被罢免。
魏忠贤引荐私人魏广微为大学士，令御史郭巩攻讦周宗建、刘一燝、邹元标以及杨涟、周朝瑞等人保举熊廷弼，说他们袒护奸邪之徒，误了国家。周宗建反驳郭巩受了魏忠贤的指使，御史方大任也助宗建攻击郭巩和魏忠贤，但都不获胜。这年秋，朱由校诏令魏忠贤和客氏的儿子侯国兴所庇荫的锦衣官准予世袭，兵部尚书董汉儒、给事中程注、御史汪泗论纷纷劝谏，朱由校不从。
魏忠贤更加肆无忌惮，将内操军增加到一万人，内穿甲衣出入宫禁，恣意作威施虐。他假传圣旨将朱常洛的选侍赵氏赐死。裕妃张氏有身孕，客氏阴谋杀死了她，又革除成妃李氏的封号。皇后张氏妊娠，客氏施计将她堕了胎，朱由校因此缺乏子嗣，其他被害的还有冯贵人等宫嫔，以及太监王国臣、刘克敬、马鉴等人。禁宫事秘，无法详尽了解。这年冬，魏忠贤兼领东厂事务。
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给事中傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，上书诬告中书汪文言，并且连及左光斗、魏大中。汪文言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。执掌镇抚司的刘乔接受叶向高的教导，不给汪文言定罪，魏忠贤大怒，将刘乔撤职除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责，副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。
奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解，韩火广不答应，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他，朱由校懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责，朱由校不许。
魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉，顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥，王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万燝上书指责魏忠贤，立即被杖死，魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。
一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大中等前后数十人，其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。正直之士离开朝廷，就如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员，以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。
不久，又起用拟被遣戍的崔呈秀为御史。崔呈秀于是编造《天鉴录》、《同志录》等，王绍徽也编造《点将录》，都以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等为魁首，并将不依附于魏忠贤的人全部网罗进去，将他们指为东林党人，献给魏忠贤，魏忠贤很高兴，于是这帮小人更加向魏忠贤献媚，联手攻击东林党。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：“东林党将要害您老人家。”因此，魏忠贤也想自图快意。
御史张讷、倪文焕，给事中李鲁生，工