几乎从这一时段开始，业内业外对检察侦查权的质疑之声不绝如缕，这种学理上的主张也为1996年《刑事诉讼法》中削弱检察侦查权提供了相应论据，持更为激进的观点者如我国着名宪法学家蔡定剑先生，他认为1996年的改革并不彻底，检察机关在此基础上应彻底放弃直接侦查权。
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总体上看，1996年《刑事诉讼法》在前一阶段的基础上进一步明确了公诉等检察职能的功能面向，即“人民检察院依法对刑事诉讼实现法律监督”。在这一教义的影响下，检察侦查范围被调整以使其更能体现出刑事法律监督的性质。就机动侦查权来说，自1996年《刑事诉讼法》为其加上了“国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件”和“经省级以上人民检察院决定”的前置条件后，机动侦查的适用率大幅降低，在司法实践中几乎“名存实亡”。随着2018年《刑事诉讼法》的出台，检察机动侦查的范围继续缩小，仅限于“公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件”。究其原因，是因为以史观之检察机动侦查活动是毁誉参半的。一方面，机动侦查对于保障法律监督和维护公平正义的确非常重要。例如，1995年，张思卿检察长在当年最高人民检察院工作报告中提到过这样一个案例：江苏省沛县有一刑满释放人员丁某，其于不到两年的时间内先后作案15起，打、刺、烧伤18人，却只被有关部门处以劳动教养三年。沛县人民检察院得知情况后依法直接立案侦查，提起公诉。最后，丁犯被一审判处死刑。然而，另一方面，机动侦查权也存在被滥用的迹象，例如在1993-1994年开展的“打假运动”中，由于地方财政吃紧的原因，部分地方的检察机关热衷利用机动侦查办理打假、打走私等案件，这导致机动侦查严重偏离了法律监督的轨道，这为后续法律对该职权的“五花大绑”埋下了“祸根”。
自行侦查权的发展则呈现出波动的特点。根据1996年《刑事诉讼法》的规定，检察自行侦查的范围囊括了“贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪”，但是由于次年修改的《中华人民共和国刑法》（以下简称《刑法》）对有关罪名的修订，实际上自行侦查的范围反而扩大了。虽然该立法在2012版的《刑事诉讼法》中得到保留，但好景不长的是，随着2018年监察委员会的横空出世，检察自行侦查的受案范围仅剩无几，而且与监察委员会的管辖范围有一定重合，从现实来讲发力空间非常有限。
通过上文对于检察侦查制度史的梳理，我们可以大致总结出以下几点结论：第一，尽管在不同的历史时段受到不同质疑，但实事求是地看，检察侦查制度与我国检察机关的历史是相伴相生的，是中国特色社会主义检察制度重要组成部分，与我国政治体制相符合。为检察机关配置侦查权的做法源自于革命时期，在新中国成立后，无论是“一般监督”还是“法律监督”时期，只要检察机关建制存在，检察机关就具备一定的侦查权。所以，检察侦查权层面的问题从来都不是“是或否”而是“多或少”。正如有学者所言：“主张取消检察机关自侦权乃至根本取消检察机关的侦查权、将其改造成一个纯粹的起诉机关的观点是对现代检察制度创生、发展的原初目的和根本任务缺乏清醒的认识与准确的把握”。第二，检察侦查权对于维护检察机关的权威乃至我国的国体起到了非常关键的作用，其肇始于新民主主义革命中扞卫初生的人民民主专政所需，在“八二宪法”出台后的转型时期里对维护“法律监督机关”的宪制定位以及检察权的权威是必不可少的。纵览历史，该权力的扩张和收缩