骑士团直到1530年才拥有自己的领土，当时大团长菲利普·德·维利耶（Fra' philippe de Villiers de l'Isle Adam）占领了马耳他岛（malta）。 该岛是由神圣罗马皇帝查理五世和他的母亲卡斯蒂利亚女王琼娜（queen Joanna of castile）以西西里国王的身份授予骑士团的，得到了教皇克莱门特七世（pope clement VII）的批准，骑士团因此需遵守《马耳他猎鹰的贡品》（trif the maltese Falcon）的条件。 在1565年，骑士们在大团长让·德·瓦莱特（Fra' Jean de Valette，曾在土耳其船上和德拉古特一起划桨）的领导下，成功防御了奥斯曼帝国的围攻，持续了三个多月。 骑士团的舰队在1571年的莱班托海战（）中对奥斯曼海军力量的最终摧毁做出了贡献，该战役由西班牙国王菲利普二世（King philip II of Spain）的异母兄弟奥地利的约翰（John of Austria）指挥。 宗教改革将西欧分裂为新教和天主教国家，对骑士团也产生了影响。 在包括英格兰、苏格兰和瑞典在内的多个国家，骑士团解散。 在其他国家，如荷兰和德国，部分司法区或指挥部（骑士团的行政区划）经历了新教转变。 这些“约翰骑士团”在德国、荷兰、瑞典以及包括美国和南非在内的许多其他国家存续下来。 骑士团被确立为在任何基督教国家之间的战争中保持中立。 从1651年到1665年，骑士团统治了加勒比海的四个岛屿。 在1651年5月21日，它购买了圣巴瑟米岛（Saint barthélemy）、圣基督山（Saint christopher）、圣克鲁瓦岛（Saint croix）和圣马丁岛（Saint martin）。 这些岛屿是从刚刚解散的法国外岛公司（pagnie des ?les de l'Amérique）手中购买的。 到1665年，这四个岛屿被出售给了法国西印度公司（French west India pany）。 --- 1798年，拿破仑领导法国占领马耳他。 拿破仑要求大团长费迪南德·冯·霍姆佩施·祖·博尔海姆（Ferdinand von hompesch zu lheim）允许他的舰船进入港口，补给水和物资。 大团长回复说，每次只能允许两艘外国船只进入港口。 拿破仑意识到这一程序将耗费时间，令他的军队暴露在英国海军上将霍雷肖·纳尔逊（Admiral horatio Nelson）面前，于是立即下令对马耳他发起炮击。 法国士兵于6月11日早晨在七个登陆点登陆马耳他并发动攻击。 经过数小时的激烈战斗，西部的马耳他人被迫投降。 拿破仑与堡垒首都瓦莱塔（Valletta）展开谈判。 面对远远强于自己的法国军队和西马耳他的失守，大团长同意投降。 霍姆佩施于6月18日离开马耳他前往的里雅斯特（trieste）。 他于1799年7月6日辞去大团长职务。 骑士们虽然分散，但骑士团依然以减弱的形式存在，并与欧洲各国政府谈判，寻求在德意志中介化过程中重新获得权力。 俄罗斯皇帝保罗一世（paul I）为最多骑士提供了在圣彼得堡（Saint peters）的庇护，这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统，以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。 在圣彼得堡的难