民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长，这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手，直到霍姆佩施退位，使保罗成为唯一的大团长。 保罗一世除了天主教大优先区外，还创建了一个“俄罗斯大优先区”，其下有不低于118个指挥部，规模庞大且向所有基督徒开放。 然而，保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认，他实际上是骑士团的事实上的大团长，而非法理上的。 到19世纪初，骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。 骑士团收入的仅10%来自传统的欧洲来源，其余90%由俄罗斯大优先区生成，直到1810年。 这部分体现在1805年至1879年间，骑士团的治理由副官而非大团长负责，直到教皇利奥十三世（pope Leo xIII）恢复了大团长职务。 这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。 1806年9月19日，瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛（Gond）的主权。 由于这意味着骑士团要放弃对马耳他的主张，骑士团拒绝了这一提议。 --- 法国占领马耳他的军队将医院骑士团驱逐出境。 在马耳他被夺取与总和平之间的十七年间，“选举一位兄弟首领以履行大团长的职务，从而保持这个主权机构的活力，这一形式上的工作得到了恪守”。 大团长的副手和临时大团长职位由大执事（unto Soltikoff）、乔瓦尼·托马西（Giovanni tommasi）、德·加维拉（de Gaevera）、乔瓦尼·耶·塞特内尔斯（Giovanni y centelles）、德·坎迪达（de candida）和科洛雷多伯爵（count colloredo）担任。 他们的任期持续到保罗皇帝于1801年去世。 然而，由于英国对该条约的异议，这一安排并未实现。 波拿巴拒绝了英国关于马耳他十年租约的提议，促使英国重新激活对法国海岸的封锁。 英国于5月18日对法国宣战。 1802年的条约从未得到实施。 英国以法国在西印度群岛、意大利和瑞士的帝国主义政策为由恢复了敌对行动。 短暂居住在墨西拿（messina）、卡塔尼亚（catania）和费拉拉Ferrara）后，骑士团的总部于1826年迁至费拉拉，1834年迁至罗马。 位于康多蒂路68号的骑士宫（ce）和阿文蒂诺山（Aventine hill）上的骑士别墅（）享有治外法权。 从1839年到1841年，伦巴第-威尼托（Loia）和西西里（Sicily）的大修道得以恢复。 然而，这一时期失去马耳他的领土并未影响骑士团的主动和被动外交权，这在法律上对国际地位的绝对延续具有重要意义，无论之前的领土所有权如何。 最初的医院修会使命成为该骑士团的主要活动，并在 20 世纪变得越来越强大，尤其得益于世界许多国家的大修道院和国家协会所开展的活动的贡献。 第一次世界大战和第二次世界大战期间，医院和慈善活动在大团长卢多维科·奇吉·阿尔巴尼·德拉·罗韦雷（Fra'